<div class='content'>
	<h2>常见问题解答</h2>
	
	<ol class=faq>
		<h3>测序仪器</h3>
		<li><b>当前测序仪器都有哪些？</b><br>
			都是进口的...Illumina为主。
		</li>

		<h3>如何学习测序知识</h3>
		<li><b>测序知识怎么扫盲？</b><br>
			测序是一个系统的知识，推荐搜索一下 陈巍学基因，视频很棒。
		</li>
		
		<li><b>公司里那些生物信息分析者都是半路出家吗？</b><br>
			http://www.zhihu.com/question/22139279<br />
			那些本科完全和编程、计算机不沾边的人，是如何在生物公司成为生物信息分析的中坚力量，例如自己去写很复杂的脚本。最近了解到有好些这样的人，甚为佩服啊<br /><br />
			
			“编程”、“计算机”是靠老师、学校教才能学好的么？这两样恰恰转行生物信息最容易做好的(因为重要的是累积经验)，真正有难度的是反而是数学、统计，这两样缺少正规训练，会直接影响日后能走到的高度。满屏公式的统计文献你都不忍打开的话，光会写程序调API是弄不懂原理的。<br />
另，半路出家也缺少软件工程的训练，代码的版本控制没有，可维护性也很差。复杂的脚本，往往是因为写的烂。<br /><br />
以上两点，是95%的生信分析人员留给我的印象。<br />

<hr />
因为我压根不懂高级统计，
会的只是大学学的皮毛，我不知道搞个差异基因那些cuffdiff,DEseq,edgeR，bayseq区别是什么。我只知道如何去用，如何把流程跑好，如何得到漂亮的结果。
		</li>
		
		<li><b>如何学习TCGA数据库？</b><br>
		<a target="_blank" href="https://portal.gdc.cancer.gov/">TCGA</a> | 
		<a target="_blank" href="https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga">NCBI The Cancer Genome Atlas (TCGA)</a> | 
		
<!--
		<a target="_blank" href="xx">xx</a> | 
-->

<pre>
Dxy 学习:TCGA数据做差异表达分析
http://www.dxy.cn/bbs/topic/34817292?from=recommend

ppt简介：
http://wenku.baidu.com/link?url=EMMdpzrkC2nONquY4vLGGXqyzV7E9TFZONV6CDEMMaLJdV2bCjDd_Bmi7YyKiAA8L7g-KfbYFFGOqJ7nF-CpuTSi0oT2DWRATMYo4zbbC77


TCGA提供不同cancer大量samples的基因组数据，主要有基因突变， 基因/miRNA的表达，拷贝数变异，DNA甲基化等。
具体信息还要看网站说明:https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/TCGA+Data+Primer
或读TCGA已发表cancer的nature paper。


tcga工作组发的文章。
The Cancer Genome Atlas （TCGA，https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcgaHome2.jsp）数据库。TCGA数据源大部分都是公开的。
目前来能够从TCGA数据库中提取数据的处理工具有
cBioPortal（http://www.cbioportal.org/public-portal/cgds_r.jsp），
ICGC（http://dcc.icgc.org/download/current）和
GenePattern（http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/download/index）。

有人说需要购买NIH的什么：
http://zhidao.baidu.com/link?url=uYz0RHsVILTW9rtrtUZEvJ4-AgUuOT6ZKJJMY4x6Q4i7FDA2c170GsGRRJ5pyQ_aNMrvf0KEKpU56QIQbI6QeDqpQ6k3AxwYy2S6N9YFaze


tcga数据库样本哪些是肿瘤哪些是正常？
这种东西是看不出来是否判断与肿瘤有关的，肿瘤本身具有远端转移特性，从各个组织中都有可能存在。所以如果想要看pathway是否与肿瘤相关，就需要点进去查看相关文献，把各种蛋白摸透，才能够搞定，如果仅仅凭借go数据库的pathway来的就能判断了，世界早就和平了~多看看文献吧，加油。
http://zhidao.baidu.com/link?url=uYz0RHsVILTW9rtrtUZEvJ4-AgUuOT6ZKJJMY4x6Q4i7FDA2c170GsGRRJ5pyQ_aic2225K_q9SaCKvJOQTQH4474eZ6MaZte0V_gAh9P_a


如何快速掌握TCGA数据库？
读tcga工作组发的文章，直接读发在cell上的一篇泛癌症的文章，正文➕附件，能复现文章中的结果，就行了。

甲基化、生存期等怎么查询？
http://www.dxy.cn/bbs/topic/22339630


TCGA的level1、2、3分别代表？
级别越高信息越完善
level1: raw data
level2: mapped data
level3: analyzed data
</pre>
		</li>

#截止2018年GDC的最新一次更新后，TCGA现存数据大致如下 (<a target=_blank href='http://www.360doc.com/content/18/0823/20/19913717_780684648.shtml'>origin</a>)
<table>
  <tbody>
    <tr>
      <td></td>
      <td></td>
      <td>CNV</td>
      <td>FPKM/FPKM-UQ</td>
      <td>miRNA isoform</td>
      <td>clinical</td>
      <td>甲基化450K</td></tr>
    <tr>
      <td>Acute Myeloid Leukemia(TARGET-AML)</td>
      <td>急性髓系白血病</td>
      <td>285</td>
      <td>151</td>
      <td>105</td>
      <td>200</td>
      <td>140</td></tr>
    <tr>
      <td>Acute Myeloid Leukemia(TCGA-LAML)</td>
      <td>急性髓系白血病</td>
      <td>285</td>
      <td>151</td>
      <td>105</td>
      <td>200</td>
      <td>140</td></tr>
    <tr>
      <td>Adrenocortical Carcinoma(TCGA-ACC)</td>
      <td>肾上腺皮质癌</td>
      <td>180</td>
      <td>79</td>
      <td>80</td>
      <td>92</td>
      <td>80</td></tr>
    <tr>
      <td>Bladder Urothelial Carcinoma(TCGA-BLCA)</td>
      <td>膀胱尿路上皮癌</td>
      <td>814</td>
      <td>433</td>
      <td>437</td>
      <td>412</td>
      <td>440</td></tr>
    <tr>
      <td>Brain Lower Grade Glioma(TCGA-LGG)</td>
      <td>脑低级别胶质瘤</td>
      <td>1019</td>
      <td>529</td>
      <td>530</td>
      <td>515</td>
      <td>534</td></tr>
    <tr>
      <td>Breast Invasive Carcinoma(TCGA-BRCA)</td>
      <td>乳腺浸润癌</td>
      <td>2223</td>
      <td>1222</td>
      <td>1207</td>
      <td>1097</td>
      <td>892</td></tr>
    <tr>
      <td>Cervical Squamous Cell Carcinoma and Endocervical Adenocarcinoma(TCGA-CESC)</td>
      <td>宫颈鳞状细胞癌/宫颈腺癌</td>
      <td>586</td>
      <td>309</td>
      <td>312</td>
      <td>307</td>
      <td>312</td></tr>
    <tr>
      <td>Cholangiocarcinoma(TCGA-CHOL)</td>
      <td>胆管癌</td>
      <td>85</td>
      <td>45</td>
      <td>45</td>
      <td>45</td>
      <td>45</td></tr>
    <tr>
      <td>Clear Cell Sarcoma of the Kidney(TARGET-CCSK)</td>
      <td>肾透明细胞肉瘤</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>1</td>
      <td>0</td></tr>
    <tr>
      <td>Colon Adenocarcinoma(TCGA-COAD)</td>
      <td>结肠腺癌</td>
      <td>972</td>
      <td>521</td>
      <td>465</td>
      <td>459</td>
      <td>353</td></tr>
    <tr>
      <td>Esophageal Carcinoma(TCGA-ESCA)</td>
      <td>食管癌</td>
      <td>373</td>
      <td>173</td>
      <td>200</td>
      <td>185</td>
      <td>202</td></tr>
    <tr>
      <td>Foundation Medicine Adult Cancer Clinical Dataset (FM-AD)(FM-AD)</td>
      <td>基础医学成人癌症临床数据集</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>42</td>
      <td>0</td></tr>
    <tr>
      <td>Glioblastoma Multiforme(TCGA-GBM)</td>
      <td>多形性胶质母细胞瘤</td>
      <td>1149</td>
      <td>174</td>
      <td>5</td>
      <td>596</td>
      <td>155</td></tr>
    <tr>
      <td>Head and Neck Squamous Cell Carcinoma(TCGA-HNSC)</td>
      <td>头颈部鳞状细胞癌</td>
      <td>1083</td>
      <td>546</td>
      <td>569</td>
      <td>528</td>
      <td>580</td></tr>
    <tr>
      <td>High-Risk Wilms Tumor(TARGET-WT)</td>
      <td>高危肾母细胞瘤</td>
      <td>0</td>
      <td>132</td>
      <td>138</td>
      <td>2</td>
      <td>0</td></tr>
    <tr>
      <td>Kidney Chromophobe(TCGA-KICH)</td>
      <td>肾嫌色细胞癌</td>
      <td>132</td>
      <td>89</td>
      <td>91</td>
      <td>113</td>
      <td>66</td></tr>
    <tr>
      <td>Kidney Renal Clear Cell Carcinoma(TCGA-KIRC)</td>
      <td>肾透明细胞癌</td>
      <td>1118</td>
      <td>611</td>
      <td>616</td>
      <td>537</td>
      <td>485</td></tr>
    <tr>
      <td>Kidney Renal Papillary Cell Carcinoma(TCGA-KIRP)</td>
      <td>肾乳头状细胞癌</td>
      <td>608</td>
      <td>321</td>
      <td>326</td>
      <td>291</td>
      <td>321</td></tr>
    <tr>
      <td>Liver Hepatocellular Carcinoma(TCGA-LIHC)</td>
      <td>肝细胞癌</td>
      <td>768</td>
      <td>424</td>
      <td>425</td>
      <td>377</td>
      <td>430</td></tr>
    <tr>
      <td>Lung Adenocarcinoma(TCGA-LUAD)</td>
      <td>肺腺癌</td>
      <td>1147</td>
      <td>594</td>
      <td>567</td>
      <td>522</td>
      <td>507</td></tr>
    <tr>
      <td>Lung Squamous Cell Carcinoma(TCGA-LUSC)</td>
      <td>肺鳞癌</td>
      <td>1059</td>
      <td>551</td>
      <td>523</td>
      <td>504</td>
      <td>412</td></tr>
    <tr>
      <td>Lymphoid Neoplasm Diffuse Large B-cell Lymphoma(TCGA-DLBC)</td>
      <td>淋巴样肿瘤弥漫性大B细胞淋巴瘤</td>
      <td>94</td>
      <td>48</td>
      <td>47</td>
      <td>48</td>
      <td>48</td></tr>
    <tr>
      <td>Mesothelioma(TCGA-MESO)</td>
      <td>间皮瘤</td>
      <td>173</td>
      <td>86</td>
      <td>87</td>
      <td>87</td>
      <td>87</td></tr>
    <tr>
      <td>Neuroblastoma(TARGET-NBL)</td>
      <td>神经母细胞瘤</td>
      <td>0</td>
      <td>157</td>
      <td>0</td>
      <td>2</td>
      <td>0</td></tr>
    <tr>
      <td>Osteosarcoma(TARGET-OS)</td>
      <td>骨肉瘤</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>0</td>
      <td>2</td>
      <td>0</td></tr>
    <tr>
      <td>Ovarian Serous Cystadenocarcinoma(TCGA-OV)</td>
      <td>卵巢浆液性囊腺癌</td>
      <td>1146</td>
      <td>379</td>
      <td>499</td>
      <td>587</td>
      <td>10</td></tr>
    <tr>
      <td>Pancreatic Adenocarcinoma(TCGA-PAAD)</td>
      <td>胰腺腺癌</td>
      <td>368</td>
      <td>182</td>
      <td>183</td>
      <td>185</td>
      <td>195</td></tr>
    <tr>
      <td>Pheochromocytoma and Paraganglioma(TCGA-PCPG)</td>
      <td>嗜铬细胞瘤和副神经节瘤</td>
      <td>363</td>
      <td>186</td>
      <td>187</td>
      <td>179</td>
      <td>187</td></tr>
    <tr>
      <td>Prostate Adenocarcinoma(TCGA-PRAD)</td>
      <td>前列腺腺癌</td>
      <td>1038</td>
      <td>551</td>
      <td>551</td>
      <td>500</td>
      <td>553</td></tr>
    <tr>
      <td>Rectum Adenocarcinoma(TCGA-READ)</td>
      <td>直肠腺癌</td>
      <td>317</td>
      <td>177</td>
      <td>165</td>
      <td>170</td>
      <td>106</td></tr>
    <tr>
      <td>Rhabdoid Tumor(TARGET-RT)</td>
      <td>横纹肌样瘤</td>
      <td>0</td>
      <td>5</td>
      <td>50</td>
      <td>2</td>
      <td>50</td></tr>
    <tr>
      <td>Sarcoma(TCGA-SARC)</td>
      <td>肉瘤</td>
      <td>522</td>
      <td>265</td>
      <td>263</td>
      <td>261</td>
      <td>269</td></tr>
    <tr>
      <td>Skin Cutaneous Melanoma(TCGA-SKCM)</td>
      <td>皮肤黑色素瘤</td>
      <td>939</td>
      <td>472</td>
      <td>452</td>
      <td>470</td>
      <td>475</td></tr>
    <tr>
      <td>Stomach Adenocarcinoma(TCGA-STAD)</td>
      <td>胃腺癌</td>
      <td>906</td>
      <td>407</td>
      <td>491</td>
      <td>443</td>
      <td>397</td></tr>
    <tr>
      <td>Testicular Germ Cell Tumors(TCGA-TGCT)</td>
      <td>睾丸生殖细胞肿瘤</td>
      <td>271</td>
      <td>156</td>
      <td>156</td>
      <td>134</td>
      <td>156</td></tr>
    <tr>
      <td>Thymoma(TCGA-THYM)</td>
      <td>胸腺瘤</td>
      <td>249</td>
      <td>121</td>
      <td>126</td>
      <td>124</td>
      <td>126</td></tr>
    <tr>
      <td>Thyroid Carcinoma(TCGA-THCA)</td>
      <td>甲状腺癌</td>
      <td>1025</td>
      <td>568</td>
      <td>573</td>
      <td>507</td>
      <td>571</td></tr>
    <tr>
      <td>Uterine Carcinosarcoma(TCGA-UCS)</td>
      <td>子宫癌肉瘤</td>
      <td>110</td>
      <td>56</td>
      <td>57</td>
      <td>57</td>
      <td>57</td></tr>
    <tr>
      <td>Uterine Corpus Endometrial Carcinoma(TCGA-UCEC)</td>
      <td>子宫内膜癌</td>
      <td>1094</td>
      <td>587</td>
      <td>579</td>
      <td>548</td>
      <td>485</td></tr>
    <tr>
      <td>Uveal Melanoma(TCGA-UVM)</td>
      <td>葡萄膜黑色素瘤</td>
      <td>160</td>
      <td>80</td>
      <td>80</td>
      <td>80</td>
      <td>80</td></tr>
  </tbody>
</table>
		
		
	</ol>
	
</div>